Systemweite Konfigurationen liegen häufig unter /etc. Sichern Sie Dateien vor Änderungen, dokumentieren Sie den Zweck der Anpassung und vermeiden Sie lokale Änderungen an automatisch generierten Dateien. Bei Paketupdates fragt dpkg bei geänderten Konfigurationsdateien gegebenenfalls nach, ob die lokale Version erhalten bleiben soll.

Für versionierte Änderungsverfolgung von /etc kann ein Werkzeug wie etckeeper verwendet werden. Geheimnisse wie private Schlüssel, Passwörter und Tokens dürfen nicht in frei zugängliche Versionsverwaltungen gelangen.